Yves LEMOINE

Etudes Transcriptomiques et Génomiques Appliquées

Notre activité se partage en 2 axes principaux. Nous sommes, tout d’abord, plateforme technologique en génomique. Nous développons à ce titre des collaborations avec des laboratoires académiques du campus de l’Institut Pasteur de Lille et des universités/CHR de la région ou au national et à l’international avec d’autres instituts, universités ou industriels. Nos expertises concernent les technologies du séquençage à haut débit et les ‘microarrays’. Nos applications récentes sont le séquençage et reséquençage de génomes microbiens entiers, le RNA-seq et ‘differential RNA-seq’ sur bactérie, la métagénomique sur l’ARNr 16S et la mesure d’expression de miRNA par puces à ADN.

En parallèle sont développées des solutions de bioinformatique. Un pipeline d’analyse automatique de reséquençage de génomes bactériens, précédé par une étude compète de la qualité et performance des ‘Mappers’ disponibles, a été mis en place. Il permet d’identifier les changements ponctuels (mutations et DIPs) ou plus importants (transfert de gènes, large délétion, acquisition de prophage et plasmide) entre un génome d’étude et un ou des génomes de références. Ce type de pipeline va être décliné sur d’autres applications comme la métagénomique et le ‘Dual RNA-seq’.


Nous sommes également laboratoire de recherche. Notre thématique de recherche porte sur l’étude de la régulation de virulence chez Bordetella pertussis (l’agent responsable de la coqueluche). Notamment nous développons l’étude des petits ARNs non-codants et leur potentielle implication dans la régulation des facteurs de virulence. Nous avons été le premier laboratoire à publier une liste de petits ARNs non-codants chez B. pertussis obtenue par prédictions bioinformatiques. Un des petits ARNs, BprC, est antisens du 5’UTR de bvgA le gène du facteur de transcription majeur de la virulence. Des mutations dans le promoteur prédit de BprC ont permis d’éteindre sa transcription. Le mutant présente un phénotype dont la virulence est atténuée. L’implication de BprC sur la régulation de la transcription ou de la traduction de bvgA ainsi que son mode d’action sont en cours d’étude.  Enfin, la liste des petits ARNs non-codants chez B. pertussis a été complétée par une approche de ‘differential RNA-seq’. La liste des candidats petits ARNs non-codants est en cours de validation, la fonction et mode d’action des plus intéressants seront étudiés dans le cadre de la régulation de la virulence.

Pour plus de précisions sur nos activités merci de visiter notre site web : http://www.pasteur-lille.fr/fr/recherche/labo_biopuces/index2020.html


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